숭늉의 연구일지

신장(elongation)아미노아실-tRNA가 GTP와 결합되어 있는 신장 인자(Elongation factor)인 EF-Tu와 결합하여 복합체를 만들고, 70s 개시 전 복합체의 A 부위에 결합하면서 GTP가 가수분해 되어 EF-Tu와 GDP 복합체가 떨어져 나간다. 이후 EF-Ts에 의해 GDP는 해리되고 GTP가 결합하여 재생한다.  A site와 P site에 위치하는 tRNA 간의 펩타이드 결합은 50s 리보솜의 23s rRNA의 peptidyltransferase에 의해 촉매 된다. 개시 tRNA의 아미노산이 A site에서 tRNA로 전이된다. 리보솜이 mRNA 3'-end 쪽으로 한 코돈씩 이동한다. A site의 펩티딜-tRNA를 P site로 이동시키고 탈아실화된 tRNA를 P site..

개요개시, 신장, 종결 3단계로 구분된다.코돈과 새로 들어온 아미노아실-tRNA가 상보적으로 결합하여 A site에 결합한다.큰 소단위체가 자리를 이동한다.작은 소단위체가 mRNA 분자를 따라 3NT 이동 후 tRNA가 떨어져 나간다.개시(원핵생물 중심)30s 소단위체가 initiation factor인 IF-1, IF-3와 결합한다.IF-1 : tRNA의 A site 조기 결합을 억제한다. 또한 70s 복합체를 50s와 30s로 분리시키는 것도 수행한다.IF-3 : 50s 소단위체 결합을 억제한다.이후 mRNA에 30s 소단위체가 결합한다. 이때 16s rRNA가 SD 서열과 상보적 수소결합을 한다.1의 복합체에 fMet-tRNAfMet과 GTP가 결합된 IF-2가 결합하여 30s 개시 전 복합체를 형..

구조각각의 tRNA는 서열과 길이가 다르지만 공통적으로 3'-end에 5'-CCA-3' 서열을 갖는다. A의 3'-OH에 아미노산이 공유결합한다. 안티코돈(anticodon)이 존재하여 mRNA의 특정 코돈과 상보적인 수소결합을 형성한다.→ tRNA의 일부 염기는 메틸화, 탈아미노화, 환원반응에 의해 변형되어 RNA 가수분해 효소에 의한 분해를 방지한다.아미노아실-tRNA 합성아미노아실-tRNA 합성효소(aminoacyl-tRNA synthetase)는 tRNA 3'-end의 A의 3'-OH기와 아미노산의 -COOH기 사이의 공유 결합을 형성하게 하며, 이 과정에서 ATP가 AMP와 PPi로 분해되어 에너지로 이용한다.tRNA의 특이성 실험방사선을 이용한 mischarged 실험Ala-tRNAcys를 세..

원핵세포와 진핵세포의 리보솜 비교원핵세포 - 70s 리보솜50s 큰 소단위체 : 5s rRNA + 23s rRNA + 단백질30s 작은 소단위체 : 16s rRNA + 단백질진핵세포 - 80s 리보솜60s 큰 소단위체 : 5s rRNA + 5.8s rRNA +28s rRNA + 단백질40s 작은 소단위체 : 18s rRNA + 단백질리보솜의 결합 부위30s 작은 소단위체는 SD 서열과 상보적인 수소결합을 하여 개시 코돈을 찾는데 도움을 준다.tRNA 결합부위A site : 아미노아실 부위 - 작은 소단위체와 큰 소단위체에 걸쳐서 존재P site : 펩티딜 부위 - 작은 소단위체와 큰 소단위체에 걸쳐서 존재E site : 출구 - 큰 소단위체에 한정되어 존재최초의 아미노아실-tRNA(aminoacyl-tR..

세균의 mRNA 특징하나 이상의 암호화 서열을 가지는 오페론(operon)이라는 전사 단위를 가짐 → 암호서열인 시스트론(cistion)을 가지며, 하나의 mRNA에 여러 개의 시스트론이 존재하는 polycistron이다.intron이 없고, 5'-cap, poly-A-tail이 없다.개시 코돈인 AUG 코돈이 인식되기 위한 특이적인 서열인 shine-dalgarno sequence(SD 서열)가 존재한다.SD 서열은 각 시스트론 앞( -8 ~ -13 부근)에 존재하며, 16s rRNA와 상보적인 염기쌍을 만들어 AUG를 30s 소단위가 정확히 찾도록 유도한다.진핵세포의 mRNA 특징하나의 mRNA 하나의 단백질을 암호화하는 monocistron이다.분리된 암호화 부위인 exon과 그 사이 서열인 int..

RNA processing(RNA 가공)은 진핵세포에서 RNA가 핵을 나가기 전에 일어나는 변형을 말하며, 전사와 동시에 일어난다.이런 변형에는 capping, splicing, polyadenylation을 포함한다.  RNA polⅡ의 CTD와 가공 단백질 결합RNA polⅡ의 CTD(C-말단)에는 7개의 아미노산이 52번 반복되는 서열이 있고 각 반복마다 2개의 세린(ser-2, ser-5)이 존재한다. 첫 번째 반복 서열의 ser-5가 인산화 시 capping 단백질이 RNA polⅡ의 CTD에 결합한다.전사가 진행되는 중에 CTD의 ser-2도 인산화되고 mRNA splicing 단백질이 결합한다. 이후 CTD ser-5의 탈 인산화로 3' 말단에 가공 단백질이 결합한다.mRNA 5' - cap..

진핵세포에서 전사 개시TATA box에 TFⅡD가 결합하여 DNA의 국부적인 뒤틀림이 발생한다.TFⅡB가 TFⅡD에 인접하여 결합한다.RNA polⅡ와 나머지 보편 전사인자들도 결합한다.TFⅡH의 helicase 활성으로 DNA가 풀어지면서 전사가 개시한다.RNA polⅡ의 C말단(CTD)의 인산화로 보편 전사인자들이 유리된다.이후 신장과 RNA processing 과정이 일어난다.

RNA polymerase종류RNA polⅠ : 45s rRNA 한 종류만 합성한다. rRNA 편집 과정으로 28s, 5.8s, 18s로 나뉜다. 인(nucleolus) 내에서 활성을 띤다.RNA polⅡ : 몇 가지 특수한 RNA(miRNA, siRNA, snRNA 등)와 hnRNA(mRNA 전구체)를 합성한다.RNA polⅢ : tRNA, 5s rRNA 등을 합성α-아마니틴(α -amanitin) 감수성 : 동물세포의 RNA polⅡ를 억제하여 mRNA의 합성을 억제한다. 높은 농도에서는 RNA pol도 억제한다. 하지만 RNA polⅠ과 세균의 RNA polⅢ도 억제한다. 세균의 RNA pol과 달리 프로모터에 대한 친화성이 너무 낮아 전사 개시에 보편전사인자(general transcription..