숭늉의 연구일지

전체 과정 요약RNA polymerase의 core enzyme이 σ factor와 결합하여 holo enzyme을 구성 → 프로모터에 결합 → RNA pol이 DNA를 변성 시킴 → 전사 개시 → 약 10NT 합성 후 σ인자가 분리됨 → RNA pol의 core enzyme은 RNA 가닥을 신장 시킴  → 전사 종결 서열에 의해 종결개시프로모터(promoter)-70 ~ +30 사이의 RNA pol이 결합되는 부위로 -10 근처와 -35 근처의 서열이 보존되어 있다. (상동성)-10 근처 : TATAAT-35 근처 : TTGACA일부 프로모터는 upelement가 존재하여 전사 활성을 증진시킨다.σ인자는 2개의 α-helix로 -10과 -35 부근의 서열을 인식하여 결합하고, core enzyme이 같..

RNA polymerase구조 : holo enzyme = Core enzyme(α2ββ 'ω) + σ 인자(σ factor)기능 및 활성polymerase : ATP, GTP, CTP, UTP를 이용하여 5' → 3'으로 합성한다.proofreading : 활성을 가지지만 매우 낮아 높은 오류를 일으킨다. 오류율이 10-4 ~ 10-5 정도이다.helicase : DNA를 따라 이동하며 풀 수 있다.리팜피신 감수성 : 리팜피신은 중합효소의 β 소단위체에 결합하여 전사를 저해한다. 정확히 말하면 중합 효소의 프로모터 탈출 단계를 저해하는 역할을 한다.σ factor(sigma factor)σ인자는 RNA pol에 일시적으로 결합하여 RNA pol을 DNA상의 특정 전사 개시 영역으로 향하게 하여 전사를 ..

Central dogma(중심 원리)한 세대에서 다음 세대로의 유전 정보 전달은 DNA에서 DNA로 전달되며, 표현형적 발현은 DNA에서 단백질로 유전 정보가 전달된다 유전 정보 전달의 2가지 stepstep1. DNA → RNA : 전사step2. RNA → 단백질 : 번역 이런 유전 정보 전달의 개념을 확장해서 RNA에서 DNA로, RNA에서 RNA로 유전 정보를 전달하는 방식도 존재한다.1. RNA → DNA : 역전사2. RNA → RNA : RNA 의존적 RNA 전사세균과 진핵 세포의 비교세균 : 전사와 번역이 모두 세포질에서 일어나기 때문에 전사와 동시에 번역이 일어날 수 있다.진핵세포 : 핵막이 전사와 번역이 일어나는 장소와 시간을 격리한다. 핵 내의 RNA는 RNA processing을 거..

동시 복제진핵 세포는 DNA 길이가 세균에 비해 매우 길고 복제 복합체의 진행 속도도 느리다. 따라서 진핵 세포는 많은 복제 기점을 갖고 있고, 진핵 세포 DNA 복제 시 여러 영역에서 동시에 진행된다. replicon(복제단위) : 하나의 복제 기점과 두 개의 종결 서열 사이에 복제 되는 DNA 단편을 의미한다.진핵생물의 복제 원점ARS(자율 복제 서열)진핵 세포의 복제 기점이다. 6개의 단백지리 ORC를 이루어 ARS에 결합하며(항상 결합 상태), 세포주기 조절에 관여하는 많은 단백질들과 상호작용하여 DNA 복제를 조절한다.ARS 위치에 따른 DNA 2차원 전기영동 패턴복제가 진행 중인 하나의 ARS를 갖는 플라스미드 분리 후, 제한 효소로 절단 후 2차원 전기영동법으로 보면 ARS 위치에 따라 다양..

개시복제 기점(replication origin)E.coli에서는 복제 기점을 ori.c라 부르고 잘 보존된 245bp로 구성되어 있다. 주요 서열은 다음과 같다.GATCTNTTNTTTT(13mer) * 3회 반복TTATCCACA(9mer) * 4회 반복 과정1. topoisomerase 작용으로 위상문제 해결2. 9mer 반복 부위에 20여 개의 Dna A 단백질이 하나의 복합체를 이루어 결합3. Dna  A 단백질이 AT 염기쌍이 풍부한 13mer 반복 부위를 인식하여 변성 시킴(ATP와 HV 단백질이 필요)4. Dna B와 Dna C를 recruit5. Dna C는 Dna B를 ori.c로 인도하고, Dna B는 Dna G를 recruit6. Dna G와 primosome 형성을 촉진7. DNA를 ..

회전환 복제(rolling circle replication)원형 DNA에 nick이 형성된 다음 한쪽 끝이 풀리면서 복제가 진행되는 방식이다.→ F plasmid, Hfr 접합 등... 복제가 끝난 후 nuclease가 작동하여 절제되고 연결되어 고리형 DNA를 형성한다.D loop 형 복제(D loop replication)엽록체와 미토콘드리아 등의 원형 DNA를 복제하는 방식이다. 양친 이중나선 두 가닥의 서로 다른 위치에서 DNA 복제가 일어나고 복제가 시작하면 다른 가닥을 밀어내서 복제한다.de novo 복제(de novo replication)특정 서열에 단백질- DNA 복합체를 형성한 후 DNA를 복제하는 방식이다.

HelicaseDna B protein 이라고도 한다. ATPase 활성에 의해 생기는 에너지를 사용하여 이중나선을 풀면서 DNA를 따라 이동한다. primase와 복합체를 형성하여 지연가닥에 결합되어 이동한다.SSB, SSBP단일 가닥 결합 단백질이다. helicase로 풀린 단일가닥 DNA에 결합하여 2차 구조 형성과 이중가닥의 재형성을 막고, DNase에 의한 DNA 가수분해를 막는 역할을 한다.PrimaseDna G protein 이라고도 한다. 주형 가닥에 상보적인 RNA primer를 형성한다.Sliding clamp활주 클램프라고 불린다. DNA 중합 효소를 DNA 주형에 단단히 부착시켜 준다. 또한 오카자키 절편 완성 시 DNA 중합효소를 DNA에서 방출시킨다.Topoisomerasegyr..

활성과 기능5' → 3' 중합 활성미리 존재하는 핵산 가닥의 3'-OH 말단에 dNTP 단량체를 중합시킨다. 하지만 두 dNTP 단량체 간 중합 활성은 없다.RNA primer가 필요 - primase(DNA G protein)이 합성해줌이중가닥이 풀려야 함 - helicase와 topoisomerase가 해결5' → 3' 방향만 활성을 가짐 - 선도가닥(leading strand)과 지연 가닥(lagging strand)이 생김외가닥 DNA 상태를 유지해야 함 - SSB가 해결 3' → 5' exonucelease 활성올바르지 않은 염기의 삽입에 의해 생기는 비틀림은 proofreading 기작에 의해 올바르게 교정된다.→ exonuclease 작용 + 중합 작용이 과정에서 107개당 1개까지 오류 수..