숭늉의 연구일지

RNA processing(RNA 가공)은 진핵세포에서 RNA가 핵을 나가기 전에 일어나는 변형을 말하며, 전사와 동시에 일어난다.이런 변형에는 capping, splicing, polyadenylation을 포함한다.  RNA polⅡ의 CTD와 가공 단백질 결합RNA polⅡ의 CTD(C-말단)에는 7개의 아미노산이 52번 반복되는 서열이 있고 각 반복마다 2개의 세린(ser-2, ser-5)이 존재한다. 첫 번째 반복 서열의 ser-5가 인산화 시 capping 단백질이 RNA polⅡ의 CTD에 결합한다.전사가 진행되는 중에 CTD의 ser-2도 인산화되고 mRNA splicing 단백질이 결합한다. 이후 CTD ser-5의 탈 인산화로 3' 말단에 가공 단백질이 결합한다.mRNA 5' - cap..

진핵세포에서 전사 개시TATA box에 TFⅡD가 결합하여 DNA의 국부적인 뒤틀림이 발생한다.TFⅡB가 TFⅡD에 인접하여 결합한다.RNA polⅡ와 나머지 보편 전사인자들도 결합한다.TFⅡH의 helicase 활성으로 DNA가 풀어지면서 전사가 개시한다.RNA polⅡ의 C말단(CTD)의 인산화로 보편 전사인자들이 유리된다.이후 신장과 RNA processing 과정이 일어난다.

RNA polymerase종류RNA polⅠ : 45s rRNA 한 종류만 합성한다. rRNA 편집 과정으로 28s, 5.8s, 18s로 나뉜다. 인(nucleolus) 내에서 활성을 띤다.RNA polⅡ : 몇 가지 특수한 RNA(miRNA, siRNA, snRNA 등)와 hnRNA(mRNA 전구체)를 합성한다.RNA polⅢ : tRNA, 5s rRNA 등을 합성α-아마니틴(α -amanitin) 감수성 : 동물세포의 RNA polⅡ를 억제하여 mRNA의 합성을 억제한다. 높은 농도에서는 RNA pol도 억제한다. 하지만 RNA polⅠ과 세균의 RNA polⅢ도 억제한다. 세균의 RNA pol과 달리 프로모터에 대한 친화성이 너무 낮아 전사 개시에 보편전사인자(general transcription..

전체 과정 요약RNA polymerase의 core enzyme이 σ factor와 결합하여 holo enzyme을 구성 → 프로모터에 결합 → RNA pol이 DNA를 변성 시킴 → 전사 개시 → 약 10NT 합성 후 σ인자가 분리됨 → RNA pol의 core enzyme은 RNA 가닥을 신장 시킴  → 전사 종결 서열에 의해 종결개시프로모터(promoter)-70 ~ +30 사이의 RNA pol이 결합되는 부위로 -10 근처와 -35 근처의 서열이 보존되어 있다. (상동성)-10 근처 : TATAAT-35 근처 : TTGACA일부 프로모터는 upelement가 존재하여 전사 활성을 증진시킨다.σ인자는 2개의 α-helix로 -10과 -35 부근의 서열을 인식하여 결합하고, core enzyme이 같..

RNA polymerase구조 : holo enzyme = Core enzyme(α2ββ 'ω) + σ 인자(σ factor)기능 및 활성polymerase : ATP, GTP, CTP, UTP를 이용하여 5' → 3'으로 합성한다.proofreading : 활성을 가지지만 매우 낮아 높은 오류를 일으킨다. 오류율이 10-4 ~ 10-5 정도이다.helicase : DNA를 따라 이동하며 풀 수 있다.리팜피신 감수성 : 리팜피신은 중합효소의 β 소단위체에 결합하여 전사를 저해한다. 정확히 말하면 중합 효소의 프로모터 탈출 단계를 저해하는 역할을 한다.σ factor(sigma factor)σ인자는 RNA pol에 일시적으로 결합하여 RNA pol을 DNA상의 특정 전사 개시 영역으로 향하게 하여 전사를 ..

Central dogma(중심 원리)한 세대에서 다음 세대로의 유전 정보 전달은 DNA에서 DNA로 전달되며, 표현형적 발현은 DNA에서 단백질로 유전 정보가 전달된다 유전 정보 전달의 2가지 stepstep1. DNA → RNA : 전사step2. RNA → 단백질 : 번역 이런 유전 정보 전달의 개념을 확장해서 RNA에서 DNA로, RNA에서 RNA로 유전 정보를 전달하는 방식도 존재한다.1. RNA → DNA : 역전사2. RNA → RNA : RNA 의존적 RNA 전사세균과 진핵 세포의 비교세균 : 전사와 번역이 모두 세포질에서 일어나기 때문에 전사와 동시에 번역이 일어날 수 있다.진핵세포 : 핵막이 전사와 번역이 일어나는 장소와 시간을 격리한다. 핵 내의 RNA는 RNA processing을 거..

동시 복제진핵 세포는 DNA 길이가 세균에 비해 매우 길고 복제 복합체의 진행 속도도 느리다. 따라서 진핵 세포는 많은 복제 기점을 갖고 있고, 진핵 세포 DNA 복제 시 여러 영역에서 동시에 진행된다. replicon(복제단위) : 하나의 복제 기점과 두 개의 종결 서열 사이에 복제 되는 DNA 단편을 의미한다.진핵생물의 복제 원점ARS(자율 복제 서열)진핵 세포의 복제 기점이다. 6개의 단백지리 ORC를 이루어 ARS에 결합하며(항상 결합 상태), 세포주기 조절에 관여하는 많은 단백질들과 상호작용하여 DNA 복제를 조절한다.ARS 위치에 따른 DNA 2차원 전기영동 패턴복제가 진행 중인 하나의 ARS를 갖는 플라스미드 분리 후, 제한 효소로 절단 후 2차원 전기영동법으로 보면 ARS 위치에 따라 다양..

개시복제 기점(replication origin)E.coli에서는 복제 기점을 ori.c라 부르고 잘 보존된 245bp로 구성되어 있다. 주요 서열은 다음과 같다.GATCTNTTNTTTT(13mer) * 3회 반복TTATCCACA(9mer) * 4회 반복 과정1. topoisomerase 작용으로 위상문제 해결2. 9mer 반복 부위에 20여 개의 Dna A 단백질이 하나의 복합체를 이루어 결합3. Dna  A 단백질이 AT 염기쌍이 풍부한 13mer 반복 부위를 인식하여 변성 시킴(ATP와 HV 단백질이 필요)4. Dna B와 Dna C를 recruit5. Dna C는 Dna B를 ori.c로 인도하고, Dna B는 Dna G를 recruit6. Dna G와 primosome 형성을 촉진7. DNA를 ..