숭늉의 연구일지

개시복제 기점(replication origin)E.coli에서는 복제 기점을 ori.c라 부르고 잘 보존된 245bp로 구성되어 있다. 주요 서열은 다음과 같다.GATCTNTTNTTTT(13mer) * 3회 반복TTATCCACA(9mer) * 4회 반복 과정1. topoisomerase 작용으로 위상문제 해결2. 9mer 반복 부위에 20여 개의 Dna A 단백질이 하나의 복합체를 이루어 결합3. Dna  A 단백질이 AT 염기쌍이 풍부한 13mer 반복 부위를 인식하여 변성 시킴(ATP와 HV 단백질이 필요)4. Dna B와 Dna C를 recruit5. Dna C는 Dna B를 ori.c로 인도하고, Dna B는 Dna G를 recruit6. Dna G와 primosome 형성을 촉진7. DNA를 ..

회전환 복제(rolling circle replication)원형 DNA에 nick이 형성된 다음 한쪽 끝이 풀리면서 복제가 진행되는 방식이다.→ F plasmid, Hfr 접합 등... 복제가 끝난 후 nuclease가 작동하여 절제되고 연결되어 고리형 DNA를 형성한다.D loop 형 복제(D loop replication)엽록체와 미토콘드리아 등의 원형 DNA를 복제하는 방식이다. 양친 이중나선 두 가닥의 서로 다른 위치에서 DNA 복제가 일어나고 복제가 시작하면 다른 가닥을 밀어내서 복제한다.de novo 복제(de novo replication)특정 서열에 단백질- DNA 복합체를 형성한 후 DNA를 복제하는 방식이다.

HelicaseDna B protein 이라고도 한다. ATPase 활성에 의해 생기는 에너지를 사용하여 이중나선을 풀면서 DNA를 따라 이동한다. primase와 복합체를 형성하여 지연가닥에 결합되어 이동한다.SSB, SSBP단일 가닥 결합 단백질이다. helicase로 풀린 단일가닥 DNA에 결합하여 2차 구조 형성과 이중가닥의 재형성을 막고, DNase에 의한 DNA 가수분해를 막는 역할을 한다.PrimaseDna G protein 이라고도 한다. 주형 가닥에 상보적인 RNA primer를 형성한다.Sliding clamp활주 클램프라고 불린다. DNA 중합 효소를 DNA 주형에 단단히 부착시켜 준다. 또한 오카자키 절편 완성 시 DNA 중합효소를 DNA에서 방출시킨다.Topoisomerasegyr..

활성과 기능5' → 3' 중합 활성미리 존재하는 핵산 가닥의 3'-OH 말단에 dNTP 단량체를 중합시킨다. 하지만 두 dNTP 단량체 간 중합 활성은 없다.RNA primer가 필요 - primase(DNA G protein)이 합성해줌이중가닥이 풀려야 함 - helicase와 topoisomerase가 해결5' → 3' 방향만 활성을 가짐 - 선도가닥(leading strand)과 지연 가닥(lagging strand)이 생김외가닥 DNA 상태를 유지해야 함 - SSB가 해결 3' → 5' exonucelease 활성올바르지 않은 염기의 삽입에 의해 생기는 비틀림은 proofreading 기작에 의해 올바르게 교정된다.→ exonuclease 작용 + 중합 작용이 과정에서 107개당 1개까지 오류 수..

반보존적 복제양친의 DNA 이중나선이 두 가닥으로 분리되고 이 가닥들이 각각 새로 합성될 가닥의 주형으로 작용한다는 것.Meselson  & Stahl의 증명 실험6M의 CsCl 용액에서 평형 밀도 구배 원심 분리 시 밀도에 따라 띠가 형성된다.(6M CsCl - 1.7g/㎤ , 14N DNA - 1.710g/㎤ , 15N DNA - 1.724g/㎤)15N 배지에서 키운 세포를 15N 제거 후 14N 배지로 옮겨 배양한 후 DNA를 분리하여 원심분리한다. 이후 이 용액에 EtBr 처리 후 자외선 하에서 관찰한다. 이때 초나선 DNA는 밀도가 더 높게 관찰되는데, 이는 EtBr이 부유 밀도를 낮추기 때문이다. 제 1세대 - 모두 14과 15N의 중간 밀도의 DNA를 가졌다. - 보존적 복제 기작 기각제 2..

염색질(chromatin)Methylene blue로 핵 내에서 염색되는 물질이다.DNA가 히스톤이라는 염기성 단백질에 결합한 것을 말한다.DNA + 히스톤 + 여러 단백질 = 염색질뉴클레오솜 단위체로 구성된다.고농도의 염을 처리 시 히스톤 + 순수 DNA로 분리가 가능하다.히스톤(histone)H1, H2A, H2B, H3, H4에서 4종류의 히스톤 단백질이 8량체(octomer)를 형성한다.Arg과 Lys이 풍부하여 산성의 DNA와 잘 결합한다.DNA와 히스톤이 결합하여 뉴클레오솜을 형성한다.히스톤은 DNA의 큰 고랑(major groove)과 결합한다.뉴클레오솜(nucleosome)H2A, H2B, H3, H4에서 4종류의 히스톤 단백질이 8량체(octomer)를 형성한 후 DNA와 결합한 것으로 ..

원핵생물의 염색체 예시> E.Coli DNA 전체 길이는 1100㎛(원형 DNA 기준)인데 세포의 직경은 1~2㎛ 정도에 불과하다. 따라서 DNA가 고도로 응축될 필요성이 있다. 따라서 DNA가 초나선을 형성하게 된다. 이런 원핵생물의 초나선 DNA에 RNase나 DNase를 처리하면 초나선이 풀리게 된다.1. RNase - RNA 연결 고리를 절단2. DNase - DNA에 nick을 형성 DNA gyrase가 원핵생물 DNA의 초나선 구조 형성에 관여하며, 1개의 scaffold당 100여 개의 초나선 고리가 존재한다.

재생변성된 DNA의 상보적 단일 가닥은 적절한 조건 하에 천천히 냉각시, 상보적 두 가닥이 수소 결합이 재형성된다.→ 생리적 조건 회복 시 위와 같이 수소 결합이 재형성되는 것을 annealing이라고 한다. DNA 분자의 재생은 12개 이상의 잔기가 두 가닥에 접합시 신속하게 재생된다.하지만 DNA가 두 가닥으로 완전히 분리된 경우 두 단계에 걸쳐 재생이 진행된다.step1 : (비교적 느림) 두 가닥의 DNA가 무작정 충돌하여 상대 가닥을 찾아 상보적 결합을 형성한다.step2 : 비교적 빠르게 진행된다. 지퍼가 잠기는 것처럼 상보적 염기쌍의 결합이 형성된다.DNA 재생 조건1. DNA간 척력 제거 - 염농도가 높아야 함(0.15~0.5M NaCl)2. 무작위 수소결합이 파괴되는 온도는 되어야 함 →..